La prima testimonianza scritta di agopuntura si trova nel Huangdi Neijing (黄帝内经) tradotto come Canone di Medicina Interna dell'Imperatore), datato circa 300 a.C.

 

La pratica dell'agopuntura si estese dalla Cina alle aree ora facenti parte di Giappone, Corea, Vietnam e Taiwan, differenziandosi dalle più rigide teoria e pratica adottate nella medicina tradizionale cinese sulla terraferma;[5] Un gran numero di contemporanei al di fuori della Cina seguirono queste pratiche non tradizionali, specialmente in Europa.

I missionari portoghesi nel XVI secolo furono tra i primi a portare racconti di agopuntura dall’Oriente.

 

Nel 1822, un editto dell'imperatore cinese vietò la pratica e l'insegnamento dell'agopuntura nell'Accademia Imperiale di Medicina, perché inadatta alla pratica degli studenti nobili.

 

Dopo la rivoluzione culturale Cinese Il presidente del Partito Comunista Cinese Mao Zedong cambiò questa posizione, affermando che «la medicina cinese e la farmacologia sono un grande tesoro e si dovrebbero compiere sforzi per esplorarle ed elevarle ad un livello superiore». L'agopuntura venne riscoperta e la sua teoria riscritta per rispettare le necessità politiche, economiche e logistiche di provvedere alle esigenze mediche della popolazione della Cina. 

 

L'agopuntura ottenne attenzione negli Stati Uniti quando il presidente Richard Nixon visitò la Cina nel 1972. Durante parte della visita, alla delegazione fu mostrato un paziente, mentre veniva sottoposto ad un intervento di chirurgia maggiore completamente sveglio, apparentemente trattato con l'agopuntura piuttosto che con un'anestesia. 

 

La più grande esposizione mediatica in Occidente avvenne quando il reporter del New York Times James Reston ricevette l'agopuntura a Pechino per un dolore post-operatorio nel 1971, e ne parlò compiaciuto nel giornale.

 

Agopuntura e moxibustione della Medicina Tradizionale Cinese sono state dichiarate Patrimonio Culturale dell'Umanità dall'UNESCO nel 2010, classificate tra i Patrimoni orali e immateriali dell'umanità.